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AIPOCH Open Science

开源、本地优先、模型无关（model-agnostic）的 AI 科研工作台，面向可复现的科学计算。

Open Science 是由 AIPOCH 为科学家和研究人员开发的开源、本地优先、模型无关（model-agnostic）的 AI 科研工作台。它通过科学 AI agent（智能体）、Python 和 R 执行环境、科研数据连接器（data connector）以及对 macOS、Windows 和 Linux 的跨平台支持，实现可复现、可检视的研究流程。创建一个项目，用自然语言描述你的研究目标，然后让 agent 读取文件、搜索网络、运行代码、查询科学数据源，并生成带有可追溯出处（provenance）的报告、表格和图表——全部在一个工作空间中完成。

Open Science 支持跨学科的计算和数据密集型研究，包括机器学习、统计学、生命科学、化学、材料科学、物理学和环境科学。它覆盖从文献综述和假设构建，到代码执行、数据分析、模拟、可视化，以及生成可追溯研究产出的完整研究流程。

💡 Open Science v0.25.1 发布 (最后更新：2026 年 9 月)。Open Science v0.25.1 是一个维护版本：受保护的 notebook kernel 现在可直接在 Windows 上启动；文件导出以原子方式发布并附带时区安全的包时间戳；生成的图像预览已恢复；此外还修复了会话、artifact（产物）、specialist（专家代理）和 provider（模型提供商）方面的一系列问题。完整细节请参阅最新发布说明。

目录

• 快速开始
• 产品导览
• 基准测试表现
• 为什么选择 Open Science
• 设计原则
• 核心能力
• 模型提供商
• 数据、权限与信任
• 项目状态
• 开发与打包
• 路线图
• 与 AIPOCH 生态的关系
• 这不是什么
• 常见问题
• 参与贡献
• 许可证
• Star 历史

🚀 快速开始

三步即可运行 Open Science：为你的平台下载安装包，完成引导式首次设置，然后创建一个研究项目。

1. 下载应用

打开最新版本发布页，展开 Assets（安装包），为你的电脑选择合适的安装程序：

你的电脑	选择
macOS — Apple Silicon（M1 或更新）	适用于 Apple Silicon / ARM64 的 macOS DMG
macOS — Intel	适用于 Intel / x64 的 macOS DMG
Windows x64	Windows x64 安装程序
Linux x64	Linux x64 AppImage 或 Debian 安装包

请查看发布页面上发布的安装包和校验信息。如果需要验证包的有效性，请在安装前参阅验证你的下载。

如果 macOS 或 Windows 显示"未识别的开发者"或"未知发布者"警告，请在继续之前确认该安装包来自官方 Releases 页面。

2. 完成首次设置

首次启动包含五个引导步骤：

1. 环境检查：检查兼容性、应用存储、安全凭据存储和网络访问。
2. 数据位置：选择大体积 artifacts、notebook、上传文件和环境的存储位置。
3. Agent 运行时：选择并准备 Claude Code、OpenCode、Codex 或 CodeBuddy。应用托管的运行时无需 Node.js、npm 或管理员密码即可安装。
4. 模型提供商：连接并测试你想使用的模型。可选择内置 provider、自定义网关（gateway）或现有的 Claude / Codex 订阅登录。
5. Notebook 运行时：可选地准备应用托管的 Python 和 R 环境，或启用检测到的及手动注册的任一语言的解释器。

主机兼容性、存储和网络检查	Provider、API Key、端点和模型验证

Notebook 执行是可选的。所有必需的环境和 agent 运行时检查都必须通过，Continue（继续）按钮才会可用；模型连接必须在设置完成之前通过。Notebook 和数据位置设置可以保留默认值，之后可在设置中更改。当 kernel 运行时，Variables（变量）视图可以只读方式检查实时的 Python 或 R 命名空间——名称、类型、形状和预览值——每次执行后自动刷新。

3. 开始一个研究项目

1. 点击 New project（新建项目），为项目指定一个稳定的研究名称和可选的描述。
2. 打开一个会话，描述目标、输入数据、约束条件、期望输出以及结果的核验方式。
3. 附加源文件，选择一个已验证的模型，并选择审批模式。
4. 发送任务。检查 agent 的工具活动，批准敏感操作，并在预览面板中打开生成的 artifacts。
5. 如果想探索不同方向，编辑较早的用户消息并在新分支上重新发送；使用消息修订控件可返回任一路径。
6. 打开 artifact 的 Provenance（出处） 视图，检查其版本以及所选结果背后的可用证据。
7. 在后续会话中继续工作。使用 @ 引用现有项目文件，使用 / 显式选择已启用的 skill（技能）。

本 README 中的截图用于说明工作流程。标签、目录和其他界面细节可能与你安装的版本略有不同。

产品导览

Open Science 将研究组织为项目和会话，使每个结果都能与产生它的证据保持关联。以下各节介绍工作区、artifact 出处、预览、科研 skills 和数据连接器。

从任务到可追溯 artifacts 的单一工作空间

项目将相关的会话、上传文件、生成文件和预览状态保存在一起。对话记录保存了 agent 的答案以及产生该答案所用的命令、文件读取、编辑、搜索和连接器调用。每个生成的 artifact 都以不可变、带校验和的版本存储。其 Provenance（出处） 视图展示 Open Science 在创建时能够验证的证据：生产者代码和执行历史、引用的输入、观察到的环境清单、产生结果的对话分支，以及任何版本范围内的评审意见。缺失的证据会显示为"不可用"（unavailable），而不会被猜测填充。

按项目和会话组织的上传文件与生成文件	原生预览让数据和研究历史并排呈现

生成的报告、图表和表格会保留在会话中，同时也会收集到项目文件库中。预览选项卡会在面板大小变化时保持当前结果可见，长文件名会保留其标识性后缀和扩展名。Open Science 可以预览常见的科研数据、PDF、Office 文档（DOCX、XLSX、PPTX）、图像（支持缩放和平移）、带语法高亮的源代码、分子结构和反应式，以及 Notebook 历史。预览限制不会截断底层文件——完整 artifact 始终可供 agent 和外部工具使用。使用 Cmd/Ctrl+F 可跨工作区搜索对话记录、Notebook 输出和已渲染页面，使用 Cmd/Ctrl+K 可打开项目级命令面板。工作区还提供深色模式：在 Settings（设置）→ General（常规） 中切换主题，整个外壳、对话记录和渲染器配色都会无闪烁地切换。界面还提供德语、西班牙语、简体中文、繁体中文、日语、韩语、法语和俄语版本，可在设置中使用运行时语言切换器切换。

分支对话而不丢失原始内容

编辑一条已完成的用户消息，即可从该点重新发送修订后的提示词。Open Science 会创建新的消息分支，而不是删除其后的对话轮次；修订控件可让你在原始路径和替代路径之间切换。分支选择、工具活动、附件和生成的 artifacts 会在项目切换和重启后持久保留。Provenance（出处）始终与产生每个 artifact 版本的确切分支绑定，因此探索不同假设不会模糊先前结果记录。

科研 skills 与数据连接器

Open Science 包含一个不断增长的目录，收录了 22 个精选的、基于文件的研究 skills：AlphaFold2、Boltz、Borzoi、Chai-1、Customize、DiffDock、Environment & Packages、ESM-2、ESMFold2、Evo 2、Figure Composer、Figure Style、Indication Dossier、LigandMPNN、Literature Review、OpenFold3、Paper Narrative、ProteinMPNN、scGPT、scvi-tools、SolubleMPNN 和 Remote Compute（SSH）——用于在远程 HPC 集群上提交和回收长时间运行的作业。你可以创建个人 skills、上传 SKILL.md/ZIP/.skill 包、从 GitHub 预览和导入兼容的 skills（可选认证访问），或导入已安装在全局 agent 目录中的 skills。agent 也可以从会话附件或公共 GitHub URL 请求包导入，在写入任何内容之前会有应用拥有的预览和确认步骤。已启用的 skills 可以通过 / 在输入框中直接选择。

它还包含 24 个内置的研究连接器：Literature Graph、PubMed、bioRxiv、Genes & Ontologies、Genomes、BioMart、Variants、Human Genetics、Clinical Genomics、Structures & Interactions、Protein Annotation、Expression、Omics Archives、CellGuide、Regulation、RNA、Chemistry、ChEMBL、ZINC、Molecule Viewer、Clinical Trials、Drug Regulatory、Cancer Models 和 Research Resources。内置和自定义连接器都处于权限系统管控之下，每个工具都有 Always allow（始终允许）、Ask each time（每次询问）和 Block（阻止）控制选项。已安装的应用会显示当前可用的 skill、连接器和工具目录。

可读、可复用的研究 skills	以受权限管控的 agent 工具形式呈现的科学数据库

基准测试表现

🏆 BiomniBench-DA Public 50 排名 #1

Open Science 在汇总的 BiomniBench-DA Public 50 对比中以 79.05 分获得最高排名分数，使用 gpt-5.6-sol (xhigh)。该结果由 Gemini 3.1 Pro 评审得分 81.04 与 DeepSeek v4-pro 评审得分 77.06 通过等权平均得出，使 Open Science 在收集到的 Public 50 结果中位列 #1。探索 BiomniBench-DA 数据集。

为什么选择 Open Science

Open Science 将研究任务、执行环境、文件和证据整合到一个本地、可检视的桌面工作空间中。

研究工作通常分散在聊天窗口、notebook、本地脚本、科学数据库、文件浏览器和报告工具之间。每次交接都会丢失上下文，答案往往与产生它的代码和文件分离。

Open Science 将这些碎片整合到一个可检视的桌面工作空间中：

• 工作成果持久保存。 项目、会话、草稿、文件、预览和运行历史在应用重启后依然保留。
• 执行而非仅建议。 agent 可以在用户批准下运行命令、Python 和 R、编辑文件、搜索、调用连接器并生成 artifacts。
• 替代路径不丢失成果。 在新的消息分支上修订较早的提示词，并在由此产生的研究方向之间切换。
• 可追溯的结果。 不可变的 artifact 版本保留 Open Science 能够验证的生产证据，并明确标注无法验证的证据。
• 多种模型选择。 可使用内置云 provider、兼容的自定义网关，或 Claude / Codex 订阅；在输入框中为每个会话选择模型和推理强度设置。
• 本地优先的所有权。 应用和项目状态运行在你的电脑上；外部调用通过你显式配置或批准的服务进行。
• 可检视性。 源代码、skills、连接器定义、工具活动、生成文件和 artifact provenance 均可查阅。
• 可扩展性。 添加 skills 和 MCP 连接器，无需等待封闭的插件路线图。
• 无席位许可。 Open Science 是 Apache-2.0 软件。你只需为你选择使用的模型或基础设施付费。

Open Science 是一款从零构建的独立产品。它不是任何其他 AI 研究应用的代理、非官方客户端或换皮版本。

设计原则

Open Science 建立在七项设计原则之上，这些原则规定了代码、数据、模型和人类监督如何协同工作：默认开放、显式多提供商兼容、本地优先的数据所有权、人在回路（human-in-the-loop）监督、持久的研究记录、可组合的能力，以及诚实的科学边界。

• 默认开放。 源代码、格式、连接器和 skills 应保持可检视、可 fork。
• 多提供商且显式兼容。 应用会验证提供商配置，并让端点要求可见，而不是将所有 API 协议视为可互换。
• 本地优先且数据感知。 保持项目状态在本地，暴露外部数据流，并让自主性成为可选加入（opt-in）。
• 人在回路。 文件编辑、命令、网络访问和连接器调用都受显式审批配置文件管控。
• 持久的研究记录。 会话、工具活动、Notebook 历史和不可变的 artifact 版本应在运行结束后仍可审查，无法获取的证据应被如实说明。
• 可组合的能力。 Skills、连接器、模型、预览和未来的计算后端应是可替换的组件，而非一个黑盒。
• 诚实的科学边界。 生成的输出不能替代专家判断、统计审查或对一手证据的验证。

核心能力

Open Science 将项目管理、多模型 agent 执行、Python 和 R notebook、科研数据连接器、带出处信息的不可变 artifact 版本，以及受权限管控的人在回路控制，整合到一个本地工作空间中。已安装的应用和最新发布说明是了解不断变化的目录、打包细节和新增加选项的权威来源。

领域	核心能力
项目与会话	创建、重命名和删除项目；维护多个会话并支持置顶；将已完成的提示词编辑为持久的、可选择的（persistent、selectable）消息分支，且不删除原始的下游路径；会话内的持久侧栏对话；生成并可编辑的会话详情（标题和描述）；恢复最近的工作、草稿、对话历史和预览状态。
Agent 工作流	自然语言任务、流式响应、按声明的目的标题分组的类型化工具活动卡片、带类别级估算的实时上下文使用量指示器、按需上下文压缩，以及重启后的持久化、停止控制、审批暂停、在运行任务期间关闭或退出前的确认步骤（可记住偏好）、用于在运行回合中暂存后续消息的输入框消息队列、统一的草稿撤销和重做历史、从已完成的 agent 消息分支到新会话、带关注原因的桌面通知以及持久的未读会话徽章和阻塞审批的原生关注提醒、带类型和状态编码图标的跨界面通知消息中心、持久已读状态和保留的已删除目标、结构化 agent 澄清卡片以支持多问题请求（逐题答案审核）、文本/图像/PDF 注释——选中的文本或区域支持在源文档中点击揭示——并可将所选上下文发送到对话中、用于轮次间 agent 配置变更的时间线标记、展开的 skill 加载行以显示加载的 skill 文档、链接最多三个 PDF 的会话阅读上下文使 agent 能够阅读当前页、翻页浏览完整文档并在其中搜索、跨会话回忆项目级知识的持久 agent 记忆、用于 agent 响应中源链接的应用内沙盒预览、Home 仪表板上的实时会话状态、带耗时和使用量弹窗的消息时间元数据、每次轮次的 token 使用量（含每次模型调用的使用详情和每次调用的上下文窗口图表）、已完成回合的 agent 框架和模型识别、项目级命令面板、项目级帧读取、项目操作和 agent 上下文、工作区项目菜单中的项目快速切换器（列出其他活动项目，带标题和描述预览，列表增长后支持模糊搜索）、带标题和描述悬停预览的精炼会话侧边栏行、会话引用（#）以在输入框中引用其他会话并具有按回合范围的读取权限、注入到进行中的主回合的侧聊建议、全局搜索中的会话编号查找、受评审门控的会话计划（带持久执行契约和 CLI 计划查看、批准和拒绝命令）、平滑的实时响应渲染、可折叠侧面板、新对话键盘快捷键，以及应用重启中断会话的恢复。
子代理委派	生产级子代理委派，具备持久消息传递和恢复能力；输入框的 agent 控件中提供按会话的委派开关，决定 agent 是否可以将工作委派出去。
模型	内置云 provider（包括提供精选 agent 能力目录的 NVIDIA Build）、自定义兼容网关、Claude 和 Codex 订阅登录、连接验证、按模型的多模态图像输入、按会话组合的模型与模型支持的推理强度选择器、涵盖子代理/评审/视觉策略的整合 Scenario models 卡片、新会话的 Settings 默认值，以及专用 Vision 模型选择器（带用于纯文本后端的持久图像证据中继）。可用的 provider 和 API 格式会根据所选的 agent 后端进行验证。
Agent 后端	可选择的 agent 框架后端——Claude Code、OpenCode、Codex 或免登录的 CodeBuddy 运行时——使同一工作空间可运行在多个底层 agent 实现之上；provider 和模型选择会根据所选后端进行验证；应用托管的后端可在 Settings 中安装、切换和移除；agent 感知的上下文回放会在切换或恢复后尊重每个框架的上下文路径。
Specialists（专家代理）	具有受限能力的个人 specialist agent 配置文件、主 agent 的即时in-flight交接、对话式定制、包导入/导出、不可变调用身份、基于名称生成的 ID（支持验证后的覆盖）、以及带签名包验证的受限 Specialist 市场（含官方和用户批准的 GitHub 来源、CDN 回退、下载进度和导入时的 skill 冲突解决）。市场将 Installed 与 Marketplace 视图分开，提供卡片网格浏览布局、筛选 chips 和带明确返回路径的单一主要浏览入口，立即打开带手动刷新的已验证缓存列表，支持从详情页直接安装，并提供共享能力图标（64 个内置字形）、快速外观编辑和能力行导航。
能力组织	针对 skills、连接器和可运行 specialists 的跨资源标签，含受保护的 Favorites（收藏）标签、分配菜单、徽章、筛选器、可搜索的 Tags 设置浏览器，以及持久指针或键盘拖拽排序。
执行	持久的 Python、R 和 REPL 控制平面 kernels，带持久的代码/输出历史；无状态 shell 命令记录在同一运行历史中；notebook 和计算运行时对外网络访问仅限于 Open Science 默认域名和用户批准的域名，被阻止的目标会在对话中呈现以供批准，保护状态在 Settings → Runtimes 中显示；agent 驱动评估的有界 REPL 推理；应用托管的环境支持离线配置、从 Settings 安全重装托管运行时，以及控制 agent 是否可以创建运行时环境的全局开关；自带 Python 和 R 解释器；远程 SSH 计算主机（支持密钥或密码认证，包括 Windows），凭据以操作系统加密方式存储，作为额外的执行目标；与 agent 共享的用户终端，输入时提供来自运行中 kernel 的实时变量名建议；每个运行时环境的只读已安装包清单；运行中 Python 和 R kernels 的只读实时变量浏览器；notebook artifact 对 agent 侧文件检查的读取访问；包安装进度及会话活动中的耗时显示；长时运行 notebook 的渐进式历史加载。外部 R 运行时的包管理仍为手动方式。
输入与文件	文件附件（单文件最高 10 GB，流式上传）、带索引分页的项目级文件库、会话分组、按来源范围的文件名搜索、网格和列表视图、适用于大型项目的展开模态框、会话旁边的分栏文件预览、生成的 artifact 卡片、引用现有上传/输出的 @ 引用、授予本地文件夹访问权限的 @path 提及（支持跨驱动器浏览）、可编辑路径栏和驱动器切换器、文件下载/导出、选择性会话 artifact 下载、自动将长纯文本粘贴转换为附件（可精确恢复）、对话以 Markdown 或 PDF 导出，以及会话以 .ipynb 导出（逐选项卡或全部下载）。
Artifacts 与 provenance	不可变的、会话作用域的 artifact 版本，内容带校验和，包含可用的生产者代码、执行历史、精确的输入引用、环境清单、产生该结果的消息分支上下文、artifact 谱系访问和版本作用域的评审证据，支持版本导航和相关证据之间的直接链接；白名单内的文本 artifacts 和上传文件（Markdown、纯文本、脚本和源代码）可作为原始文本编辑，每次保存都会发布保留其来源谱系的新版本，Compare（比较）操作可查看前一个版本。
预览格式	常见科研数据的响应式多选项卡预览、PDF（支持文本选择、区域选择、大纲和缩略图导航、文档搜索和页面导航）、Office 文档（DOCX、XLSX、PPTX）、图像（包括 TIFF，支持缩放和平移）、带语法高亮的源代码、分子结构和反应式，以及 Notebook 历史；可内联或全屏查看；支持右键选项卡操作（关闭、关闭其他、下载、复制路径、另存为 artifact）；以及返回生成该 artifact 的对话的上下文内视图导航。